Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Những Sorcerer Hunter (Thợ săn phù thủy) được thành lập trên lục địa Spooner, tại đây dân cư được chia thành 2 nhóm, nhóm sử dụng được phép thuật và nhóm không sử dụng được phép thuật. Sorcerer Hunter được thành lập để bảo vệ những người không sử dụng được phép thuật.
ở một thế giới có sự tồn tại của pháp thuật từ rất lâu về trước, nhưng giờ đây, năng lực pháp thuật ấy đã biến mất hoàn toàn. Câu chuyện bắt đầu vào một đêm trăng tròn, khi cô học sinh cao trung Mangetsu Kohinata gặp gỡ Shingetsu Ernesta Fukami – một cô gái trở lại Nhật Bản sau khi định cư ở bên Đức một thời gian.
"Hãy làm điều người khao khát". Biết bao Anh hùng đã đấu với thế lực "Hủy diệt". để bảo vệ thế giới này. Thế rồi, thời gian trôi đi... Các Anh hùng đã lùi dần vào lịch sử, giờ đây vận mệnh của thế giới phụ thuộc vào cuộc chiến của những thiếu niên, thiếu nữ được mệnh danh là "Người kế tục
Một phù thủy tên là Elaina trên đường đi chu du khắp thiên hạ phiêu lưu. In a certain place, there was a traveler witch. Her name was Elaina.