Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.
Gon – từ nhỏ đến lớn chưa bao giờ được gặp mặt cha – tham gia vào cuộc thi lấy chứng chỉ Hunter, một cuộc thi rất khắc nghiệt nhằm chọn ra những thành viên ưu tú cho đội ngũ “Hunters”. Cha của Gon là một Hunter huyền thoại và cậu ấy muốn tìm ra cha mình nên đã chọn con đường theo nghiệp Hunter. Gon gặp Killua trong vòng kiểm tra đầu tiên. Killua đến từ một dòng họ nổi tiếng trong việc hành nghề ám sát: ZhaoldYeck. Killua đã được huấn luyện từ nhỏ để trở thành sát thủ, và cậu ấy có tài năng
Một anh main tự dưng phát hiện ra mình là “bố đời” quyết định con đường “Cưa gái đánh quái” trở thành “bố của bố đời thiên hạ”
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Fairilu là nàng tiên của hoa, côn trùng, nàng tiên cá, hoặc các thực thể khác được sinh ra từ "Hạt Farilu". Tất cả Fairilu được sinh ra với chìa khóa riêng của họ, và họ phải tìm kiếm để tìm và mở cánh cửa chỉ phù hợp với chìa khóa của họ. Khi Fairilu đi qua cánh cửa, họ trưởng thành. Các cánh cửa cũng liên quan đến thế giới con người.