Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
Tiếp tục phần một cuộc hành trình quay về cứu nguy cho quê nhà của nhân vật chính nhưng giữa đường gặp số đào hoa anh main lại cứu thêm 1 bé nữa vậy là giông tố bắc đầu nổi lên lần nữa.
Trong hậu quả hậu khải huyền của một cuộc chiến tranh giữa các máy và người sáng tạo của họ, máy cai trị trong khi con người tồn tại trong tình trạng nô lệ. nhân vật danh nghia Karen dẫn Kháng Tổ 11, một nhóm chiết trung của con người người tự thấy mình chiến đấu cho cuộc sống của họ như họ đang bị săn đuổi bởi các robot trong mỗi tập phim. Đây có phải là kết thúc của nhân loại? Họ chiến đấu một trận chiến mất?
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
Shunichi là một tài năng về thể thao, tuy chỉ mới học lớp 5 nhưng cậu luôn nhận được rất nhiều lời mời gọi để thi đấu giúp các đội tuyển thể thao trong trường học của mình. Một hôm cậu buộc phải đấu Yoyo để chống lại kẻ bắt nạt và giúp bạn của cậu lấy lại Yoyo , trận đấu quyết liệt vàShunichi đã thắng. Nhưng sau đó cậu gặp Seito Hojoin một tài năng YoYo người đã dạy cho cậu ta biết thế nào mới thực sự là YoYo, tức giận và quyết tâm trả thù cậu bắt đầu luyện YoYo.