Là sequel của anime nổi tiếng Eureka Seven chiếu năm 2005. Câu chuyện lần này lấy bổi cảnh là đảo Iwado của Okinawa, trong thời gian gần đây bỗng nổi lên 1 phong trào đòi quyền tự trị. Nhân vật chính Ao Fukai sống cùng 1 ông bác sĩ già tên Toshio, cha cậu không rõ đã đi đâu còn mẹ cậu đã bị bắt cóc bởi 1 nhóm người lạ mặt 10 năm về trước. Cậu chơi thân với Naru Arata, 1 cô bạn chứa trong mình 1 sức mạnh có tên “yuta”.
Vào một mùa đông, khi còn đang học năm thứ 2 ở trường cấp 3, Yuuichi phải nằm viện vì bị viêm gan. Cậu ta suốt ngày bị chị y tá phạt vì tội hay trốn viện ra ngoài. Một ngày kia, cậu vô tình gặp Rika, một cô bạn bằng tuổi ở khu nhà bên cạnh. Cô bé ấy rất xinh xắn và đã hút hồn của Yuuichi ngay tức thì, nhưng đó lại là một cô bé rất ích kỉ. Dù cho có bị Rika sai khiến thế nào đi nữa thì Yuuichi vẫn gắn bó với cô bé ấy. Và rồi khi mà Rika kể cho cậu nghe về bệnh tình của mình thì cậu hiểu ra
Có một truyền thuyết được truyền miệng từ những đứa trẻ - một truyền thuyết về một tử thần có thể giải phóng con người khỏi nỗi đau mà họ đang chịu đựng. Tử thần này có tên là Boogiepop. Nhưng đây không phải là một truyền thuyết hư cấu, vì Boogiepop có tồn tại.
Shu là một cậu bé Nhật Bản điển hình, có thái độ lạc quan và quyết tâm, tuy nhiên khi cậu ta thấy một cô gái bí ẩn ngồi trên ống khói, cậu bị lôi vào một thế giới mới đầy cát . Shu sớm phát hiện ra những nỗi sợ hãi tột cùng của chiến tranh, trong đó bao gồm tội diệt chủng, tra tấn tàn bạo, đói, khát, và "sản xuất con cái"
Công chúa thứ Iris của tộc Elf, người được chuyển đến một trường học của con người với tư cách là một đại sứ thiện chí cho sự hợp tác giữa con người và bán nhân. Cô là một học sinh danh dự được người nhiều ngưỡng mộ, nhưng để duy trì giống nói thì cô cũng tham gia vào chương trình Hỗ trợ lai giống.