Câu chuyện diễn ra vào năm 2199,khi mọi người đổ xô xuống đườngđể tiễn đưa năm cũ và chào đón năm mới. Nhưng giữa buổi lễ thì nghe tin Ragna the Bloodegde, kẻ phản bội cấp SS bị Chính phủ treo thưởng với giá rất cao đã xuất hiện tại tầng 13 của thành phố, tên là Kagutsuchi. Mục tiêu chính của Ragna là hủy diệt bộ máy điều hành thế giới này. Để đoạt lấy số tiền thưởng này, 1 nhóm các kiếm sĩ mạnh mẽ nhất đã tập hợp tại Kagutsuchi..
Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume lại trải qua những ngày tháng đầy rắc rối của mình. Nhưng mỗi một yêu quái cậu gặp là mỗi một cảnh đời, mỗi một niềm vui nỗi buồn khác nhau. Giúp đỡ hay phản bội, chia ly hay hội ngộ, tất cả đều trải qua rất nhanh khiến Natsume càng cảm thấy sợ sự cô đơn, nhưng Madara đã nói “Cuộc sống của con người ngắn ngủi đến đáng sợ, nhưng ta sẽ cùng cậu trải qua sự ngắn ngủi ấy”
Gorou, học sinh trung học năm thứ nhất tại một trường trung học tư thục ở Tokyo, không có “hy vọng”, không có “ước mơ” và không có “tham vọng”. Thế giới “dửng dưng” với anh, và anh trải qua những ngày tháng nhàm chán, không thay đổi với người bạn thân Akitsu trong khi có một nỗi nhớ mong thoáng qua đối với Honoka, người bạn cùng lớp cùng trường.
Những Con quái vật bí ẩn xuất hiện và tấn công và những người và Tại sao những con quái vật xuất hiện để tấn công người ...? Sousuke Banba, một nhà khoa học, tìm kiếm sự thật và đây là hồ sơ về những cuộc gặp gỡ với các sinh vật khổng lồ.
Những con ma luôn hiện hữu ở quanh ta nhưng mắt trần không thể thấy chúng. Rất nhiều người muốn thấy chúng dù chỉ một lần. Nhưng giờ đây bạn có thể thấy chúng bằng cách chiếu ánh sáng Đồng hồ Rọi ma(Youkai Watch) thì tại sao không khám phá thế giới Youkai đầy sắc màu nhỉ?