Tiền kiếp và hiện tại hòa lẫn vào nhau, chàng trai với hai kí ức của hai kiếp người đứng lên chống lại định mệnh. Thuở thơ ấu, Rio đã sớm trở thành trẻ mồ côi do mẹ bị giết, cậu phải kiến cường sống sót trong khu ổ chuột.
Một ngày hè oi bức năm 1983, Maebara Keiichi,cậu học sinh chuyển trường đến ngôi làng Hinamizawa hẻo lánh, đang tận hưởng những ngày tháng yên bình và tham gia vào câu lạc bộ chơi game cùng bốn cô bạn đáng yêu của mình.
Ở Harajuku có tin đồn trong giới trẻ là có một nơi tên Ura-Harajuku do một phù thủy Nina điều hành nhằm đáp ứng điều ước thầm kín của những vị khác. Phương pháp của cô là cảm xúc thật sâu trong trái tim, vậy liệu khách hàng có đánh đổi để thực hiện mong muốn?
Hai cô gái đang được huấn luyện để trở thành Miko tại đền Tema : Matoi Sumeragi và Yuma Kusanagi. Matoi Sumeragi sống với ông bà từ khi cô còn nhỏ , đến năm thứ hai của trường trung học cơ sở khi cuối cùng cô cũng đã có thể sống với cha mình. Matoi khao khát được sống một cuộc sống đơn giản
Set in modern-day Tokyo where dreams and desires are afloat, a group of ninjas called "Toukeshuu" is set to stop the spread of "darkness" that prevails in the world using ancient techniques passed down through generations.