Câu chuyện xoay quanh cô nàng Momoko xinh đẹp (nhưng kém may mắn), Shibumi điềm đạm và Mayumi ngây thơ. Cả ba cùng xuất hiện trong câu chuyện “không lời” này. Đúng vậy! Không nói chuyện, không hội thoại, chỉ có hiệu ứng âm thanh và cuộc sống hằng ngày của ba nàng nữ sinh cao trung.
kể về thế giới Shuffle, thiết lập mười năm trong tương lai. Gods, Demons, và con người tự do thăm các thế giới khác như đi du lịch ở nước ngoài, và sự lãng mạn trong không khí. Demons, vị thần, và con người với nhau đã rơi vào tình yêu và tạo ra những gia đình mới, phá vỡ các bức tường một khi tách chúng
Vào một buổi sáng, Moriyama Sunao tìm thấy một sinh vật kỳ lạ, nhỏ bé trong tủ lạnh nhà mình, khi nhìn những món mình đang ăn, Sunao quyết định đặt tên cho sinh vật đó là Potemayo, Potemayo đến trường cùng Sunao và lập tức gây được sự chú ý cho cả lớp, đặc biệt các bạn nữ rất thích Potemayo. Khi Sunao và Potemayo đang ở trường, một sinh vật khác cũng phá tủ lạnh đi ra, nhưng khác với Potemayo, lần này là một sinh vật khó tính, đó là Guchuko.
Họ 4 người bạn thân. Họ chia sẻ cho nhau buồn vui, và tưởng chừng như nó sẽ tiếp diễn mãi mãi. Vào một mùa hè nọ, 1 điều kỳ diệu đã xảy ra khi họ biết được bí mật về những hò đá có thể thự hiện điều ước
Trong những hoạt động ngầm nguy hiểm của thành phố Academy là linh lực gia cấp 5 Accelerator. Anh có thể tiêu diệt bất cứ ai nhờ năng lực của mình, năng lực này cho phép anh tạo ra một trường mỏng của mục tiêu xung quanh anh và chi phối véc tơ của bất cứ thứ gì anh chạm vào. Suốt cuộc đời của Accelerator, anh luôn là đối tượng bị tấn công, do đó, anh mất niềm tin vào con người và chỉ tin vào sức mạnh.