Bối cảnh câu chuyện diễn ra trong một thế giới gothic fantasy, kể về Teito Klein. Một nô lệ mồ côi, người đã trở thành học viên xuất sắc nhất của Học viện Quân đội. Tuy nhiên, một sự kiện bất ngờ đã làm cho cậu bị rượt đuổi bởi lực lượng của Đế quốc Barsburg. Để thoát bị kết án, nhà thờ đã che chở cho Teito dựa vào luật lệ dành cho nơi tôn nghiêm.
Câu chuyện diễn ra vào năm 2199,khi mọi người đổ xô xuống đườngđể tiễn đưa năm cũ và chào đón năm mới. Nhưng giữa buổi lễ thì nghe tin Ragna the Bloodegde, kẻ phản bội cấp SS bị Chính phủ treo thưởng với giá rất cao đã xuất hiện tại tầng 13 của thành phố, tên là Kagutsuchi. Mục tiêu chính của Ragna là hủy diệt bộ máy điều hành thế giới này. Để đoạt lấy số tiền thưởng này, 1 nhóm các kiếm sĩ mạnh mẽ nhất đã tập hợp tại Kagutsuchi..
tại một cửa hàng đồ cổ tại khu mua sắm Teramachi Sanjou ở Kyoto; xoay quanh một anh chàng Kyoto đẹp trai và một cô nữ sinh cao trung. Một ngày nọ, cô nữ sinh Aoi Mashiro tình cờ gặp mặt Kiyotaka Yagashira - con trai của chủ tiệm, và cô trở thành nhân viên part-time tại nơi đó luôn.
Câu chuyện xoay quanh Makoto Majima, con trai của một người bán hoa quả địa phương, được biết đến với biệt danh “Người gỡ rối của Ikebukuro.” Anh giúp mọi người, từ bạn bè đến những người khó khăn trên đường phố địa phương trong việc giải quyết các sự cố khác nhau.
The story is set 10 years after Basilisk: Kouga Ninpou Chou in 1626. Câu chuyện xảy ra 10 năm sau bộ Basilisk: Kouga Ninpou Chou năm 1626