Câu chuyện xoay quanh hai anh em nhà Elric, Edward và Alphonse. Cha của Ed và Al đã bỏ nhà để theo đuổi giả kim thuật từ khi hai người còn rất nhỏ, vì thế đối với cả hai anh em thì mẹ là gia đình duy nhất. Khi mẹ mất – lúc Ed chỉ mới 10 tuổi và Al 9 tuổi – hai anh em đã phạm vào điều cấm kị khi quyết định hồi sinh mẹ bằng giả kim thuật.
Asagiri Aya, là một cô gái bị bắt nạt cả ở trường lẫn nhà. Một ngày, một website ghê sợ, trang web Mahou Shoujo, hiện lên trên màn hình và đón mời cô vào thế giới Mahou Shoujo.
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.
Sakurai Yuki là một cậu bé bí ẩn có năng lực đặc biệt. Khi còn bé, cậu đc mọi ngừơi phát hiện bị bỏ rơi ở gần 1 bụi cây và đc nhận nuôi bởi Viện mồ côi. Vì thế, Yuki tỏ vẻ độc lập và ko muốn là gánh nặng của bất cứ ai.Năng lực của cậu có thể giúp cậu biết đc cảm xúc của người mà cậu chạm vào. Và ko thể điều khiển khả năng của mình, cậu đã khiến nhiều người bị tổn thương trong quá khứ. Với những gánh nặng và khả năng ấy, Yuki sẽ xử trí ra sao khi một người đàn ông tự nhận là anh trai cậu xuất
Nhân vật nữ chính là Saya- là một trong hai "ma cà rồng" thuần chủng của chủng loài Chiropteran. Cô trở thành một thợ săn của Red Shield- một tổ chức lập ra với mục đích tiêu diệt Diva- em gái song sinh của Saya, kẻ đã tạo ra các Chiropteran khát máu và là mối đe dọa lớn của loài người (Diva muốn dùng máu của mình để biến loài người thành Chiropteran). Saya sử dụng một thanh katana đặc biệt có thể dẫn máu từ tay của Saya để tẩm lên lưỡi kiếm và "thanh tẩy" các Chiropteran bất tử.