Câu chuyện kể về cuộc phiêu lưu của người Do Thái hình con thỏ, người bạn tốt nhất của cô, Airi Kirara và những người Do Thái khác trong sứ mạng của họ để khôi phục Lâu đài Jewel, đã rơi từ bầu trời xuống giữa thành phố vì thiếu nhân loại niềm tin vào ma thuật. Để khôi phục niềm tin của mọi người vào ma thuật, Jewelpets biến thành con người để nghiên cứu thêm về chúng.
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N. Achroma: Nhà khoa học của đội Plasma, đang tiến hành cuộc thí nghiệm trên Pokemon để hoàn thành chiếc máy kiểm soát pokemon Đội Hỏa Tiễn: Tổ chức xấu xa với tham vọng xâm chiếm thế giới.Ở vùng Isshu thì họ đã tái
Balsa là một lãng khách dùng cây thương của mình để cứu người nhằm bù đắp cho những sinh mạng mà cô lấy đi trong quá khứ. Trên hành trình của mình, cô giải cứu nhị hoàng tử Chagum và chấp nhận bảo vệ cậu ta khỏi những sát thủ do chính cha Chagum cử tới ...
Câu chuyện xoay quanh Arslan, hoàng tử của đế quốc Pars, cai trị bởi vị vua tàn bạo Andragoras. Sau khi cha mình bị một kẻ thân cận phản bội, vương quốc đã bị nước láng giềng Lusitania chiếm đóng.