Vào năm 2100, một dự án khám phá sức mạnh mới của năng lượng. Amami Kurau là con gái của nhà khoa học chính của dự án, và vào ngày sinh nhật lần thứ 12 của cô, cô đi cùng cha cô đến phòng thí nghiệm để theo dõi các thí nghiệm. Sau đó, Kurau bị 2 luồng ánh sáng đánh trúng và sở hữu những khả năng phi thường.
Một ngày nọ, Thần Vận Mệnh của Trái đất và Thần Lãnh Đạo của Galdardia đã đặt cược. Thần Vận Mệnh đã thua và chọn mười linh hồn tầm thường để trao đổi. Đối với mười linh hồn đó, Thần Lãnh Đạo của Galdardia đã trao cho họ những vị thể mới.
Trong hàng thập kỷ kể từ khi thế giới trở nên nhận thức được sự tồn tại của phép thuật, thế giới đã trải qua một cuộc đại loạn. Tuy nhiên, một cậu bé tên là Touta sống ẩn dật trong một thị trấn nông thôn cách xa nơi loạn lạc. Cuộc sống bình thường của cậu được chỉ bảo bởi thầy giáo dạy ma thuật và những người bạn ủng hộ ôcậu.
Pokémon Evolutions được ra mắt để kỷ niệm 25 năm ngày phát hành trò chơi gốc của Nintendo.
Để cứu mẹ, cậu bé tốt bụng và người bạn daemon nhỏ bé bắt đầu cuộc hành trình khắp Nhật Bản thời hậu tận thế khi các thế lực đen tối bám sát họ.