Tiếp tục sau khi cô nàng Sakura Trees trở lại. Dựa trên một phần tiếp theo của trò chơi PS2 DaCapo gốc, câu chuyện một lần nữa sẽ diễn ra vào Hatsunejima, nhưng được thiết lập 53 năm sau khi các sự kiện của DC và DCSS. Mặc dù một số ký tự có thể sẽ xem xét một chút quen thuộc để mắt khởi xướng, dàn diễn viên là một cái mới.
Vui vẻ,hạnh phúc,đau khổ,đó là những cảm xúc vốn có của mỗi con người.Nó có thể khiến con người ta lạc lối cũng có thể giúp cho ta trưởng thành. Nhưng muốn trưởng thành được ta phải chiến đấu với nó. Câu chuyện của chúng ta cũng xoay quanh các cô gái với nhiều cảm xúc khác nhau và những cảm xúc đó đã biến thành 1 con người khác của họ tại 1 thế giới khác và đang ngày đêm chiến đấu cho đến chết
Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Sakura Kinomoto là một cô bé 10 tuổi học lớp 4, sống cùng bố và anh trai tại thị trấn Tomoeda. Một lần, cô bé vô tình mở một quyển sách trên giá dưới tầng hầm, cô đọc tên lá bài mình nhìn thấy là The Windy. Và hậu quả là tất cả thẻ bài nằm trong cuốn sách bay tứ tán khắp nơi, chỉ con sót lại duy nhất thẻ The Windy
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.