Năm là 2222. Đã từ rất lâu kể từ sự kiện Tân Nguyệt Thạch Lệ, một cơn mưa bí ẩn, trút xuống và xóa sạch gần như toàn bộ loài người. Cơn mưa độc hại này tạo ra những sinh vật biến dạng ăn thịt người, và nhân loại phải chạy trốn khỏi nguy hiểm
Câu chuyện lấy bối cảnh tại thành phố Neo Tokyo năm 0051 G.C. (Galaxy Century). Đã nửa thế kỷ trôi qua kể từ khi nhân loại bắt đầu cuộc sống ngoài vũ trụ. Con người đã đạt được công nghệ định vị với tốc độ ánh sáng, và đã xây dựng cuộc sống trên những hành tinh cùng với người ngoài hành tinh.
Năm 2040, tình trạng ô nhiễm liên tục và hàng loạt trận động đất bí ẩn đã khiến thành phố Tokyo bị hủy hoại. Một thanh niên tên Ken Ando đang được đào tạo để trở thành thành viên của DC, một tổ chức bán quân sự được thiết kế để điều tra và bảo vệ môi trường sụp đổ.
Câu chuyện nói về Nyaruko, một vị thần hỗn mang bất thể, đã biến mình thành 1 cô gái tóc bạc ngây thơ bình thường.Mahiro Yasaka là 1 học sinh cao trung bình thường, cho đến 1 ngày bình thường kia cậu bị truy đuổi bởi người ngoài hành tinh và được Nyaruko cứu.
Murakami Ryouta luôn day dứt về cái chết của cô bạn thời thơ ấu của mình, người mà anh chỉ còn nhớ với biệt danh Kuroneko. Một ngày, một cô gái trông giống hệt người bạn thời thơ ấu chuyển vào lớp của anh với cái tên Kuroha Neko. 2 người họ liệu có phải là 1? Câu chuyện tình đẫm máu và nước mắt bắt đầu.