cuộc sống bình dị thường ngày của các thành viên thuộc đơn vị 501. Họ nấu nướng, dọn dẹp, sống cuộc sống vui vẻ mỗi khi Neuroi chưa bắt đầu cuộc tấn công tiếp theo. Câu chuyện kể về những sinh vật ngoài hành tinh với tên gọi là Neuroi đã đến xâm lược Trái Đất.
Câu chuyện được đặt trong một thế giới mà “Appmon” (rút ngắn cho “Appli Monsters”), sinh vật thông minh nhân tạo được sinh ra trong các ứng dụng di động. Nhân vật chính là Haru Shinkai người được một Appli ổ của riêng mình và mở ra khả năng của mình để mang lại Appmon với cuộc sống nơi ông gặp đối tác của mình Gatchmon.
Được ra từ xác chết trong máu lẫn bùn lầy lội. Guts đã luôn phải tồn tại giữa ranh giới của sự sống và cái chết. Sau khi phải chịu đựng cả một tuổi thơ khủng khiếp, anh dành cả cuộc đời sau này tiếp tục chém giết, dùng sức mạng để tìm ra ý nghĩa sống cho riêng mình
Một nhóm học sinh vừa mới trúng tuyển vào Học Viện Quân Sự Trung Ương thì ngay sau đó, một nhóm khủng bố có vũ trang mang tên Hallarax đánh chiếm Aries - Trạm không gian mà họ chuyển tới. Liệu họ sẽ làm gì? Đầu hàng hay chống lại? Sống sót hay là tử vong?
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người