Cốt truyện được tiếp nối sau sự kiện Thương Khốc Ma Long. 20 năm trôi qua, Kouga đã trao lại bộ giáp và danh hiệu của mình cho con trai là Saejima Raiga. Saejima Raiga có nhiệm vụ trừ khử 9 Ma thú được phong ấn trong một tảng đá thời cổ đại để phong ấn kẻ thù đầy sức mạnh Ma thú Eiris (Giọt nước mắt của Messiah).
Trong những năm vào thời dân quốc, chí sĩ ái quốc Trần Thanh Bình vì bảo vệ "Long đầu trượng", cùng vợ hi sinh lẫy lừng, trước lúc lâm chung đã mang đứa con của mình cùng "long đầu trượng" ủy thác cho chiến hữu Mã Ái Quốc. Vì không phụ lòng chiến hữu giao phó, Mã Ái Quốc đổi tên thành Chu Khả Phát, đứa bé cũng đổi tên thành Chu Phiêu Dật, mang con ruột của mình là Mã Ninh Nhi giao cho bạn tốt nuôi nấng.
Bộ phim Đoạn thù cốc xoay quanh các diễn biến đầy kịch tính trong cuộc đời của chàng trai Thạch Hạo Thiên. Là con nuôi của đại tướng quân Vạn Bá Long, Hạo Thiên có võ công cao cường tính tình cương trực, thẳng thắn và yêu chuộng chính nghĩa.Trong một dịp tình cờ, anh cứu sống Phương Hữu Vi là con trai của một gia đình quyền thế ở trấn Hoà Bình và cô gái thường dân tên bạch Huyên. Phương Hữu Vi bái Hạo Thiên làm thầy, Bạch Huyên nảy
kể về hiệp sĩ Y Phong bởi vì tuyệt học võ công "Phiêu hương nhất kiếm" mà khiến thê tử yêu thương Tiết Nhược Bích bị bắt đi, bất đắc dĩ phải bắt tay với Tụ Hiền Trang.
câu chuyện đầy bi kịch trong nghiệp võ. Người sáng lập võ quán K.O Nhan Đông Sơn từ sau khi con trai Dật Phong mất mạng trên sàn đấu, đã đuổi con gái Dật Thần, học trò Chính Bân và Thư Nhã đi, không nhận học trò nữa.