Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Sự kiện bắt đầu bằng việc 7 đứa trẻ đi chơi núi nhưng đột nhiên họ bị hút vào 1 thế giới khác . Ở đó họ trở thành “những đứa trẻ của định mệnh” và mỗi nguời đều có 1 con thú Digimon bên mình và cả bọn phải chống lại thế lực tà ác do các Digimon xấu gây nên
Trong tương lai xa, con người xây dựng nhà cửa và nuôi thú vật dưới hang ngầm lòng đất. Kết quả, Họ sống trong sợ hãi của những trận động đất và sụp hầm, và đã vài trăm năm trôi qua, Jeeha là một trong những ngôi làng đó.Một ngày kia, một cậu bé tên Simon đột nhiên tìm thấy một mũi khoan nhỏ, sáng bóng trong khi đào mở rộng đất cho làng. Cùng lúc đó, Kamina, một anh chàng tin tưởng rằng phía trên ngôi làng là một miền đất khác, lập nên một băng để phá xuyên qua mái vòm để có thể rời khỏi hang
Đặt trong bối cảnh tương lai xa trên một hành tinh rất xa Trái Đất. Kato Marika là một học sinh thích lái phi thuyền sống cùng mẹ và không biết gì về bố mình. Một ngày nọ cô bé được hai người thông báo về cái chết của bố và sứ mệnh thay thế bố làm hải tặc không gian trên con tàu của ông.
Tomozaki là một trong những game thủ giỏi nhất Nhật Bản và theo quan điểm của cậu, trò chơi đời thực là một trong những thứ dở nhất. Không có quy tắc rõ ràng để thành công, sự cân bằng khủng khiếp và chả có ý nghĩa gì. Nhưng sau đó, cậu gặp một game thủ cũng giỏi như mình và cô ta đề nghị dạy cho cậu một vài thứ về game mà cậu chưa biết.