Năm 2077, thế giới hiện đại với các công cụ, máy móc hoạt động tinh xảo nhưng lại tiềm tàng một mối đe dọa to lớn với loài người khi Nhật Bản cho phát triển công nghệ người máy sinh học. Đó là điều mà Liên Hợp Quốc cấm. Một nhóm đặc nhiệm tức tốc được cử đến Nhật Bản, thâm nhập điều tra sự việc và họ đã bất ngờ khám phá ra rằng, Nhật Bản giờ chỉ là 1 hòn đảo đầy hoang mạc.
Trong một ngôi làng nhỏ dưới lòng đất, nơi mà các thông đạo và đường hầm ở khắp mọi nơi. Ngay cả với không gian sống chật hẹp và tối tăm như vậy, người dân ở đây vẫn sống rất vui vẻ. Patema, cô công chúa nhỏ của ngôi làng dưới lòng đất có sở thích khám phá các đường hầm. Nơi ưa thích của cô là "vùng nguy hiểm" nơi đã có lệnh cấm vào (dù chẳng ai biết tại sao).
Tập phim đặc biệt vẽ lên "một ngày đặc biệt như mọi khi" của Satoshi và Pikachu, cùng với một chàng trai kì lạ tên Haruto.
Năm 2065, Trái đất có nguy cơ bị hủy diệt. Một ngôi sao băng đã va chạm với hành tinh xanh mở đầu cho cuộc đổ bộ hàng triệu sinh vật ngoài vũ trụ xuống Trái đất. Những cánh đồng và thành phố bị tàn phá nặng nề bởi những kẻ dã thú. Chỉ còn lại thành phố New York với vài người sống sót qua thảm họa. Nhưng quân xâm lược đã bắt đầu tiến sát tới những thành phố rìa ngoài được xây dựng để bảo vệ những cư dân cuối cùng của Trái đất. Thời gian còn lại chẳng bao nhiêu, ngày tận thế càng đến gần.
Trong tương lai, Utopia cuối cùng cũng đạt được trình độ thượng thừa về y tế, khoa học và kĩ thuật. Đây là một thế giới đáng mơ ước khi mọi người không còn phải lo lắng về sức khỏe hay bệnh tật nữa vì đã có WatchMe và Mediacare. Nhưng chẳng có thế giới nào là hoàn hảo cả. Vì quá hòa bình nên các cô gái của chúng ta đâm ra chán và muốn phá cho vui.