Câu chuyện diễn ra nửa năm sau khi sự kiện Wars Divine kết thúc, chính quyền liên minh Trái Đất phải đối mặt với phiến quân Divine Crusaders và chủng tộc ngoài hành tinh Aerogators. Khi cuộc đấu tranh vẫn tiếp tục chống lại tàn dư của phiến quân Divine Crusader, một mối đe dọa mới từ chủng tộc ngoài hành tinh đến gần.
câu chuyện về chàng trai Azuma Ikki, anh chàng đã từng bị tấn công bởi một nhóm người có vũ trang và đã trở thành tù nhân của họ suốt 10 năm, lưu lạc và phải chịu biết bao nhiêu cực khổ.Nhưng may mắn thay anh đã được cứu bởi người bạn thời thơ ấu của mình bằng một loại vũ khí vô cùng đặc biệt.
Lấy bối cảnh thế giới nơi nhân loại mất quyền kiểm soát đại dương vào tay "hạm đội biển sâu", hi vọng duy nhất chống lại hiểm họa này là những Kanmusu, một nhóm những cô gái mang trong mình linh hồn chiến hạm Nhật Bản.
Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, tình cờ có mặt tại Sân Bay Haneda để chuẩn bị chuyến công tác. Giữa máy bay đang trên đường băng, bỗng chốc một khối kiến trúc đồ sộ xuất hiện từ hư không. Chiếc máy bay mang theo Shindou cùng 251 hành khách lạc vào bên trong khối kiến trúc đó. Tại đây Shindou gặp được một chàng trai trẻ, Yaha-kui zaShunina, và câu truyện bắt đầu.
Senagaki Isaku sẽ là một học sinh trung học năm nhất bắt đầu từ mùa xuân này. Ông của cô là bang chủ đệ Tam của băng nhóm Senagaki, một tổ chức yakuza, vì vậy cô rất sợ những người xung quanh.