Năm 100 của thời đại Taisho. Sau vụ nổ thảm họa xảy ra 16 năm trước, gần như cả Thủ Đô Tokyo đã bị phá hủy đồng thời chôn vùi cả nền “Kỹ thuật hơi nước”. Thủ Đô hiện tại đã được tái tạo nhờ một loại năng lượng mới dựa trên sức mạnh tâm linh, "Mirai."
Năm 2027, thành phố New Port vẫn đang hồi phục từ hậu quả của chiến tranh. Một sĩ quan quân đội có dính đến việc ăn hối lộ và buôn bán vũ khí bất hợp pháp bị giết. Trong quá trình điều tra, Daisuke Aramaki của Cục An ninh Quốc gia gặp Motoko Kusanagi, một hacker nửa người nửa máy cao cấp thuộc đơn vị bí mật số 501. Batou, người đàn ông với "con mắt không ngủ", nghi ngờ Kusanagi là kẻ đứng sau vụ đánh bom. Thanh tra cảnh sát Togusa đang theo đuổi cùng lúc 2 vụ án một người bị bắn chết và một cô
Kể về cuộc sống của thế hệ trẻ trong thành phố Iwaki, tỉnh Fukushima sau thảm họa động đất sóng thần năm 2011 ở Tohoku
Một đài truyền hình ở Osaka đột ngột phát nổ. Conan và nhóm bạn hoang mang không rõ mục đích của hung thủ. Sự xuất hiện của nhân vật mới Ooka Momiji càng khiến họ trở trở nên bối rối: cô nàng tự xưng là vị hôn thể của Heiji Hattori và là nhà vô địch giải đấu Karuta (một trò chơi thẻ truyền thống của Nhật Bản) Mặt khác, quán quân của giải Karuta tại Kyoto liên tiếp bị sát hại trong 2 năm liền.
Motoko và đội của cô ấy cuối cùng đã tiến gần hơn đến người môi giới của Fire-Starter, nhưng mọi thứ trở nên căng thẳng khi họ được hướng dẫn để đảm nhận vai trò hàng ghế sau trong một cuộc hành quân.