Vào thời xa xưa, có một truyền thuyết về những con quỷ ăn thịt người luôn lãng vãng trong cánh rừng sâu. Vì điều này, người dân trong làng không bao giờ đi ra ngoài vào trời tối. Truyền thuyến cũng kể rằng có một Sát Quỷ Nhân luôn xuất hiện vào ban đêm để tiêu diệt những con quỷ khát máu này.
Set in modern-day Tokyo where dreams and desires are afloat, a group of ninjas called "Toukeshuu" is set to stop the spread of "darkness" that prevails in the world using ancient techniques passed down through generations.
Watanuki luông bị những Ayakashi này quấy nhiễu và cậu ta khao khát được thoát khỏi điều này. Vào một ngày nọ, khi đang chạy thoát khỏi một đám Ayakashi, Watanuki vô tình “bước” vào một ngôi nhà kì quặc giữa thành phố hiện đại. Tại đây, Yuuko Ichihara, chủ ngôi nhà này, bảo với Watanuki rằng nơi đó là một cửa hiệu biến ước muốn thành sự thật , và đổi lại là một cái giá cân bằng
Thành Vatican - Đất Thánh của người Công giáo. Nơi đấy có một tổ chức tiến hành các cuộc điều tra nghiêm ngặt về "Những Điều kì bí về phép lạ" khắp nơi trên thế giới đều xác nhận là có thật.
Nhân vật chính của câu chuyện là Otonashi Saya – một học sinh trung học, sống trong một gia đình đầm ấm. Ngoại trừ một điều, cô bé đã mất đi kí ức trước kia của mình. Rồi một ngày, biến cố đã xảy ra. Cuộc chạm trán với Quỷ dơi – một chủng loài khát máu; cuộc gặp gỡ với Haji – một chàng trai bí ẩn luôn mang bên mình cây đàn Cello cùng một thanh kiếm; sự thật về một tổ chức chống Quỷ dơi có tên hội Khiên đỏ. Những biến cố đó đã kéo cô quay về với định mệnh thực của mình. Cuộc chiến của Saya đã