Câu chuyện liên quan đến một nhóm học sinh trung học tại Ayana Academy, một trường học với âm nhạc là môn chính. Bộ ba học sinh được gọi là Hanasakura-kai, chỉ định các tài năng nhất từ nhóm âm nhạc.
Minato Narumiya Khi còn học sơ trung, Minato đã tham gia học môn bắn cung Nhật Bản. Thế nhưng sau một sự cố xảy ra, cậu đã từ bỏ sở thích này. Khi lên cao trung, Minato đã gặp gỡ nhiều người bạn mới, và cùng nhau họ đã trở thành thành viên của câu lạc bộ bắn cung trong trường. Thế là bắt đầu chặng đường đoạt chức vô địch môn bắn cung của những chàng trai trẻ ấy.
Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Trong những hoạt động ngầm nguy hiểm của thành phố Academy là linh lực gia cấp 5 Accelerator. Anh có thể tiêu diệt bất cứ ai nhờ năng lực của mình, năng lực này cho phép anh tạo ra một trường mỏng của mục tiêu xung quanh anh và chi phối véc tơ của bất cứ thứ gì anh chạm vào. Suốt cuộc đời của Accelerator, anh luôn là đối tượng bị tấn công, do đó, anh mất niềm tin vào con người và chỉ tin vào sức mạnh.
Một chiếc máy ảnh làm thay đổi đời anh main, và nhờ nó anh đã nối lại tình xưa. Kazuya, a mild-mannered high school sophomore coming to the end of a very average summer break, receives a digital single lens reflex camera as a gift. His nerdy fascination with its design soon turns to wonder when he realizes this little gadget could really give his social life a shot in the arm!