Bối cảnh phim diễn ra tại Tokyo năm 1969. Trái đất đang bị tấn công bởi những kẻ xâm lược (Invader).. Tuy nhiên công chúng lại không hề biết điều này. Để chống lại những cuộc tấn công của Invader, một tổ chức bí mật là A.E.G.I.S đã được thành lập.
Câu chuyện được đặt trong một thế giới mà “Appmon” (rút ngắn cho “Appli Monsters”), sinh vật thông minh nhân tạo được sinh ra trong các ứng dụng di động. Nhân vật chính là Haru Shinkai người được một Appli ổ của riêng mình và mở ra khả năng của mình để mang lại Appmon với cuộc sống nơi ông gặp đối tác của mình Gatchmon.
Makunouchi Ippo has been bullied his entire life. Constantly running errands and being beaten up by his classmates, Ippo has always dreamed of changing himself, but never has the passion to act upon it. One day, in the midst of yet another bullying, Ippo is saved by Takamura Mamoru, who happens to be a boxer. Ippo faints from his injuries and is brought to the Kamogawa boxing gym to recover. As he regains consciousness, he is awed and amazed at his new surroundings in the gym, though lacks confidence to attempt anything.
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người
Chuyện về 2 cậu bạn Smile & Peco ở câu lạc bộ bóng bàn. Makoto Tsukimoto (nicknamed Smile) is a quiet high-schooler whos been friends with the loud and energetic Yutaka Hoshino (nicknamed Peco) since childhood.