Một ngày tuyết trắng … Tôi ngồi trên băng ghế gần sân ga, đợi người em họ Minase Nayuki, đã 7 năm rồi tôi mới được gặp lại cô bé. Nơi này rất xa thị trấn nơi tôi đã được sinh và sống cho đến ngày hôm qua. Đây là nơi Nayuki sống cùng mẹ cô bé, người đã đề nghị tôi đến sồng cùng, giờ đây tôi phải chuyển đến đó một cách đột ngột.
The series continues the relationship between two aspiring classical musicians, Megumi "Nodame" Noda and Shinichi Chiaki, as students and after graduation.
Câu chuyện của Stein Gate diễn ra ở Akihabara, câu chuyện kể về một nhóm bạn cố gắng biến cái lò vi sóng của họ thành một bộ máy gửi được tin nhắn về quá khứ. Trong lúc họ thực hiện các thí nghiệm khác nhau, thì họ bị một tổ chức mang tên là SERN cũng đang nghiên cứu lãnh vực du hành vượt thời gian theo dõi. Khi đó, các nhân vật của chúng ta phải cố gắng trốn thoát khỏi nanh vuốt của tổ chức đó. Thế rồi câu chuyện bắt đầu.
Câu chuyện xoay quanh cậu nhóc Aki Shiina - một học sinh trung học lúc nào cũng bị lầm tưởng là nữ nhi vì vẻ ngoài "gái tánh" của mình. Thế nên cậu quyết định chuyển đến Tokyo với hi vọng cuộc sống nơi ấy sẽ giúp bản thân trở nên "chuẩn men" hơn
Nữ chính bỏ học cấp ba vào năm thứ hai và đặt mục tiêu vào đại học khi làm việc một mình ở Tokyo.