Câu chuyện diễn ra trong một thế giới mà nơi các nàng tiên sở hữu và trú ngụ trong các loài động vật, mang đến cho chúng những khả năng bí ẩn. Bằng cách loại bỏ nội tạng của con vật bị chiếm hữu và cấy chúng vào người, các nàng tiên có thể được triệu tập như một bản ngã đã thay đổi và được sử dụng làm vũ khí. Những nàng tiên trở thành công cụ của chiến tranh được gọi là "Chiến binh cổ tích.
Ichinomiya Shingo, một thanh niên 25 tuổi, độc thân, nhân viên của một công ty thương mại, đi ngủ trong lúc nghĩ về ngày hôm sau với những công việc bận rộn thường nhật. Tuy nhiên khoảnh khắc cậu thức dậy, xung quanh là một căn phòng lạ lẫm.
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Đại gia tộc trừ tà diệt ma Tsuchimikado bước vào thời kì hoàng kim bậc nhất, danh tiếng vang xa khắp bốn bể dưới triều đại của Tsuchimikado Yako. Thế nhưng, tổ sư trừ tà Tsuchimikado Yakotrong trong một lần mắc sai lầm khiến cho phong ấn lối vào địa ngục bị phá vỡ, hàng vạn linh hồn ma quỷ trốn thoát và gây náo động khắp Tokyo. Kể từ đó, danh tiếng của gia tộc Tsuchimikado cũng tàn theo mây khói.
Suzuhara Izumiko sinh ra và lớn lên trong một ngôi đèn trên núi Kamuno, năm 15 tuổi. cô chuyển lên tokyo để học trung học. Trên đường đi, một vật thể tên là “Himegami” xuất hiện. Từ đó bí mật của gia tộc cô dần dần hé lộ.