Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Xoay quanh ẩm thực cao cấp nhưng không khí được đẩy lên căng thẳng vì có Shokugeki (Thực chiến). Troll ver: Một bộ phim về thức ăn kích dục do thực dục giáo chủ ra tay chế biến.
Komiya Nonoka, một cô gái đã từng sống tại thị trấn hồ Kiriya, tại đây cô đã gặp một cô gái tóc xanh tên Noel. Bảy năm sau, khi Nonoka quay trở về lần nữa thì thị trấn lúc này đã có một vật hình đĩa lơ lửng trên bầu trời. Và khi gặp lại Noel, Noel nói giờ đến lượt Noel sẽ thực hiện lời hứa thành hiện thực.
Từ lâu Yuu đã luôn yêu thích những manga shoujo và mong một ngày nào đó sẽ nhận được một lời tỏ tình khiến trái tim cô xao xuyến thẹn thùng. Ấy vậy mà khi được một chàng trai ở trường trung học tỏ tình… cô lại chẳng cảm thấy gì cả. Bối rối và thất vọng, Yuu bước vào cuộc sống cao trung mà vẫn không biết phải đáp lại thế nào.
Hino Kahoko là học sinh năm hai khối phổ thông thuộc học viện Seiso. Một nữ sinh trung học bình thường như bao người khác. Một hôm, cô đi học trễ và vô tình nhìn thấy Lili, người tự xưng là thiên thần âm nhạc và cho rằng Kahoko có tố chất nên mới nhìn thấy được cậu. Tất nhiên là khi trông một người bé nhỏ có cánh đang lơ lửng giữa không trung thì Kahoko đã cho rằng mình đang tưởng tượng ra và rất hoảng loạn.