Nối tiếp phần 2, Saito và Louise trở về Tristain, nhưng dấu hiệu kết nối Saito và Louise bị biến mất. Cả 2 tranh cãi lẫn nhau khi mối quan hệ Chủ nhân và linh thú không còn nữa, đồng thời cả 2 đi tìm yêu tinh có sức mạnh đã hồi sinh Saito, và có thể là chìa khóa để giải thích sao Saito lại bị mất quyền năng Gandalfr
Binan là một thành phố nào đó trong Japan.The “đất quốc phòng Club” tại Trường Trung Học Binan là một câu lạc bộ đã hoàn toàn không có gì. Khi các thành viên câu lạc bộ Atsushi Kinugawa và En Yufuin bị lạnh ra trong khi ngâm mình trong bồn tắm nước nóng tại nhà tắm Kurotamayu, một con quái vật màu hồng (Wombat) đột nhiên xuất hiện trong không khí mỏng và nói
The Society for the Study of Modern Visual Culture, otherwise known as Genshiken, is now under the charge of a more confident Sasahara. Things have changed in between semesters, and the otaku club now has a new otaku-hating member named Ogiue.
Cậu học sinh Yuuta Iridatsu vướng phải trải nghiệm "thoát xác". Nói cách khác, linh hồn cậu ta bị tách khỏi cơ thể. Cậu ta tỉnh lại trong một khu nhà có tên gọi Koraikan và gặp em linh miêu tên Chiranosuke, cũng chính ẻm đã gợi ý cho cậu "Tìm quyển Sách Thiêng nhà Koraikan nới có thể nhập lại vào thân xác".
Câu chuyện khởi đầu khi Kojirou, giáo viên dạy kiếm thuật của trường trung học Muroe nhận lời thách đấu từ một đàn anh. Cả hai sẽ đưa đội kiếm nữ do mình huấn luyện đấu với nhau. Nếu Kojirou thắng, anh sẽ được đãi 1 năm ăn sushi miễn phí; ngược lại, nếu anh thua, anh sẽ mất chiếc cúp vô địch kiếm đạo danh dự.