câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Pocket Monsters, gọi tắt là "Pokémon", là những sinh vật kì lạ với vô vàn bí ẩn trên hành tinh này. Chúng có thể được nhìn thấy ở khắp nơi, trên bầu trời, dưới biển sâu, trong rừng rậm, cũng như trong những thành phố đông đúc cư dân.
Orphen là một nhà pháp sư đã rời khỏi Tháp Ngà Voi danh tiếng. Cậu bắt đầu cuộc hành trình đi tìm Azalie, một cô gái cậu kính nể như chị mình. 5 năm sau khi Azalie biến thành một con rồng và biến mất, họ đã gặp lại nhau tại thành phố Totokanta. Sự thật đằng sau hình dáng kinh khủng ấy của cô là gì? Và bí mật gì ẩn sau thanh gươm của Baldanders?
Sau khi mất một chân và trở về quê, anh đem khả năng và kiến thức khi còn là một mạo hiểm giả cho các công việc ở làng. Và rồi anh nhặt được một đứa bé bị bỏ rơi trong núi khi đang hái lượm thuốc. Đó là khi anh vẫn còn độc thân.
Một ngày nọ, có một thị trấn bị hủy diệt không để lại chút dấu vết gì. Người duy nhất sống sót sau trận hủy diệt ấy - và gã buôn lậu cô độc Takuya. Cùng với lá thư do cha Yuki để lại, họ đi đến thị trấn Lost mà không ngờ đến những thử thách đang chờ họ trước mắt. Những tổ chức bí ẩn, những âm mưu giấu kín đang chờ đợi Yuki và Takuya khi hai người càng tiến đến gần bí mật của Lost.