Câu chuyện diến ra vào năm 2045, khi AI đã tiến bộ và bất kỳ ai cũng có thể du hành vào không gian. Những đứa trẻ được sinh ra trên mặt trăng và những đứa trẻ đến từ Trái đất đang trong chuyến du hành vào vũ trụ và gặp nhau tại trạm vũ trụ do Nhật Bản xây dựng, "Anshin".
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Tây Tinh và Đông Tinh. Từng có một thời chúng được nối kết bằng "Long Mạch" bắc ngang qua bầu trời. Nền văn minh từng một thời thịnh vượng nay chìm trong cõi mộng, ngọn lửa tàn khốc của chiến tranh đã xé toang mọi ranh giới. Hai hành tinh chìm trong những cuộc chiến bất tận. Sự trở lại của siêu công nghệ có tên là "Thần Khí" có sức mạnh tái lập lại trật tự thế giới, nhưng không ai có thể sử dụng nó ngoài một người—"thiếu nữ dị giáo."
Series diễn ra ở thế giới khác, đa phần là trong thành phố Eridana, nơi một nửa lãnh thổ là của Đế Chế Rồng Tseberun, và một nửa còn lại là Liên Minh Bảy Thành Phố Lapetodes.
Một trung úy trẻ của Zeon, Bernie, đã bí mật thâm nhập khu vực Colony số 6, tại đó, anh ta đã gặp Al, một cậu bé ngây thơ. Hai người trở thành bạn và rồi Bernie bắt đầu thích người hàng xóm của Al, Chris, một nữ phi công lái Gundam, thứ Bernie đang tìm cách tiêu diệt.