Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Thời Đại Thần Thánh đã đến hồi kết thúc. Sự bất tử cũng sẽ không còn.Cõi Thiên Đàng rung chuyển khi đội quân của Falis, Thần Ánh Sáng...... Chạm trán với quân của Falaris, Thần Bóng Tối.Trong trận chiến không ngừng nghỉ sau đó,Trái Đất bật khóc...Biển cả sôi sục...Cuối cùng, chỉ có hai người sống sót của mỗi bên
Guts biết đến như là Black Swordsman, tìm nơi trú ẩn khỏi các thế lực ma quỷ mà theo đuổi anh cùng với cô gái của anh. Aided chỉ bởi sức mạnh titanic, kỹ năng của mình, và thanh kiếm, Guts phải đấu tranh chống lại số phận ảm đạm của mình, tất cả trong khi chiến đấu với một cơn giận dữ mà có thể chiếm lấy thân xác anh. Berserk là một câu chuyện đen tối của kiếm thuật kỳ quặc và số phận đáng ngại.
Tương lai Future Card Buddyfight diễn ra trong một phiên bản tương lai hơn của ngày hôm nay. Các trò chơi thẻ kết nối với một vũ trụ song song qua thẻ đặc biệt (Buddy Thẻ Hiếm) đóng vai trò như các cổng. Họ mang theo những con quái vật đến Trái Đất để cho họ trở thành bạn thân với con người
câu chuyện được tiếp diễn Shuurei cần để đối phó với những trở ngại hơn trong bộ phim mới. Hơn nữa sự nguy hiểm đi theo cách của mình, nhưng tại cùng một thời gian cuộc họp bạn bè, những người sẽ giúp cô ấy với công việc của mình như một quan chức.