Thế giới bị bao trùm bởi một căn bênh dịch chết người ,nó biến người ta trở thành xác chết biết đi. Tại Nhật một số học sinh và cô y tá trường trung học Fujimi cùng nhau vượt qua chiến đấu chống chọi với cơn dịch này.
Thánh kiếm "Excalibur." Thanh kiếm của sự lựa chọn để đánh giá vị vua cai trị vương quốc Anh. Những người kéo được thanh kiếm đó ra được gọi là "Arthur" và có sức mạnh vô cùng vĩ đại. Tuy nhiên, đã có nhiều thánh kiếm Excalibur được rút ra và tạo nên nhiều người sở hữu sức mạnh khổng lồ làm biến dạng lịch sử
một cậu thanh niên trấn nhỏ Thạch Hoang có được một thanh kiếm Trảm Thần, từ đó gánh vách trách nhiệm cứu với thế gian, nhập học học viện Thiên Bắc, chớ coi thường chí hướng thiếu niên. Thiên Hoang chiến đấu với thế lực thế gia, vượt qua thử thách thiên kiêu, bảo vệ bình an cho đất nước, một mình mạo hiểm đến Thánh Linh Đàm.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Câu chuyện diễn ra trong một tương lai không xa. Đột nhiên có 5 "Điểm đen" xuất hiện trên thế giới với vai trò là những cánh cổng dẫn đến thế giới song song. Ngay sau đó, có những sinh vật kì lạ bắt đầu xâm chiếm Trái đất từ những "Điểm đen" đó. Những sinh vật kì lạ này là cư dân của 5 thế giới song song xem phim. Để đảm bảo cho sự sống còn của mình, mỗi cư dẫn ở 5 thế giới đều chiến đấu với nhau để quyết định số phận của họ. Chiếc chìa khóa để quyết định đó chính là thiết bị đấu bài.