Câu chuyện này diễn ra khoảng một trăm năm trước. Nadja là một cô gái vui vẻ, tươi sáng, được nuôi dưỡng trong một trại trẻ mồ côi gần London, Anh. Nadja được giao cho trại trẻ mồ côi khi cô còn nhỏ.
Touru Soma là thành viên của Steppen Wolf, 1 nhóm hacker. Nhóm này quyết định sẽ làm một cuộc tấn công hack lần nữa bằng cách xâm nhập vào FLAK, một tổ chức quân đội lớn lập ra bởi United Nation để chống lại khủng bố mạng. Tuy nhiên, họ bị phát hiện, và Yuya chết, lãnh đạo của Steppen Wolf và bạn của Touru bị bắt.
kể về câu chuyện của 13 cô gái, đều có khả năng trở thành hiện thực “Elements” và triệu tập người giám hộ bằng kim loại gọi là “Childs” đã được đưa đến Học viện Fuuka để chiến đấu với những sinh vật bí ẩn được gọi là trẻ mồ côi. Mỗi người một tính cách và nền tảng khác nhau, họ phải quyết định những người mà họ thực sự quan tâm và lý do tại sao họ đánh nhau.
Một cơn gió giống như bệnh dịch thổi qua vùng đất cát khô cằn của Nhật Bản thời hậu tận thế. Khi nó quét qua người sống và người không sống, rỉ sét là tất cả những gì còn sót lại trong quá trình hoạt động của nó. Nguyên nhân của tình trạng thảm khốc của thế giới được cho là do bào tử nấm.
Ngôi làng của Shu bị tấn công bởi những tên địch, cậu ta và bạn mình, Jiro và Kluke quyết định bảo vệ quê nhà. Họ sớm gặp chiến binh Zola và nhận được năng lượng của Shadow, khả năng biến những bóng của họ thành những quái vật siêu phàm. Shu nhận được quái vật có sức mạnh ghê gớm nhất, Blue Dragon, và họ cùng nhau chiến đấu chống lại kẻ thù.