Câu chuyện bắt đầu khi cô bé Satsuki tìm được cuốn sách của người mẹ đã mất, ghi chép về cách xua đuổi những bóng ma. Cũng kể từ đó mà những hồn ma luôn làm phiền, ám hại cuộc sống xung quanh cô
xoay quanh Daimon Kaito, 1 nam sinh yêu thích những câu đố (puzzle) đang học tại học viện Root. Một ngày, chủ tịch hội học sinh chỉ dẫn cậu tới 1 khu vực đổ nát dưới lòng đất của trường, tại đó cậu cùng với cô bạn gái Nonoha cùng nhau giải 1 câu đố được xem là "không thể giải được", do một tổ chức tình báo bí hiểm tên POG làm ra. Khi giải nó thành công, Kaito trở thành 1 "người giải đố", và từ đây cậu phải hợp tác với những người giải đó khác chống lại những bí ẩn mà POG đặt ra trên toàn thế
Công chúa thứ Iris của tộc Elf, người được chuyển đến một trường học của con người với tư cách là một đại sứ thiện chí cho sự hợp tác giữa con người và bán nhân. Cô là một học sinh danh dự được người nhiều ngưỡng mộ, nhưng để duy trì giống nói thì cô cũng tham gia vào chương trình Hỗ trợ lai giống.
Hãy tham gia với Keita cùng cùng chiếc đồng hồ yêu quái của câu, Whisper và Jibanyan, khi họ tiếp tục nhiệm vụ tìm kiếm và gặp gỡ những người bạn yêu quái mới trong hành trình của mình.
Bộ anime này sẽ có dạng nhiều câu chuyện ngắn về những điều kỳ lạ và dị thường trên thế giới, bao gồm UFO, những sinh vật truyền thuyết, lời nguyền, những nền văn minh cổ đại, sức mạnh siêu nhiên, năng lực tâm linh, những sự kiện kì quái, những quy tắc khác lạ cùng các truyền thuyết đô thị sẽ được kể bằng các hình ảnh.