Một đêm nọ, một vật lạ rơi vào đầu của Nitta, một thành viên của yakuza. Trong chiếc hộp là một bé gái lạ lùng tên là Hina. Em có một sức mạnh siêu nhiên kinh hoàng, và Nitta cảm thấy mình bị miễn cưỡng chăm sóc cho cô bé. Sức mạnh của em sẽ giúp trong công việc yakuza của anh
Cùng với "Mana", một công nghệ dữ liệu đã phát triển đến cấp cao và gần giống như ma thuật, loài người đã có thể chinh phục tất cả những cuộc chiến tranh, nạn đói, ô nhiễm, và nhiều vấn đề khác trên Trái Đất. Trái Đất đã có được hòa bình tuyệt đối và chẳng còn nhu cầu gì. Công chúa đầu tiên của đế chế Musurugi, Angelize. Cũng như bao người khác, cô cũng không có nhu cầu gì, và cũng chẳng lo lắng chi.
Trong khi đang cố tránh khỏi sự phát hiện của bọn robot chiến tranh trong một thành phố chết, nhân vật nam chính, một junker, đã vào một tòa nhà có mái vòm trên tầng thượng và tìm những món đồ phế thải vẫn còn sử dụng được
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Trong thế giới ma thuật, sức mạnh và tương lai của một pháp sư được xác định trước khi sinh ra thông qua cái gọi là "Dấu hiệu" —của bốn biểu tượng phân loại năng khiếu ma thuật của con người.