Là một bộ phim Nhật Bản xoay quanh câu chuyện về những nhân vật từ các câu chuyện cổ tích nổi tiếng của anh em Grimm. Những nhân vật này bao gồm Cinderella, Rapunzel, Snow White, và nhiều nhân vật khác.
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Để đi xác minh xem điều này có thật hay không, Yuuto Suoh và cô bạn thời thơ ấu Mitsuki Shimoya đã đi đến ngôi đền ấy. Khi Yuuto đứng trước cái gương thần, cậu dùng điện thoại chụp một tấm hình, và ngay lập tức, cậu bị đưa sang một thế giới khác - một thế giới chứa đựng những bí ẩn của thần thoại Bắc Âu.
Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu