Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst.
Bối cảnh của câu chuyện không phải là chiến tranh thế giới thứ 3 hay là ngày Nhật Bản tuyển bố lệnh cấm anime và manga sắp tới đây, mà về một tương lai tương đối gần, khi mà các robot bắt đầu lộng hành phỏ biến như các navi và virus trong megaman battle network.
Ngay sau Thế vận hội Tokyo năm 2020, một trận động đất lớn xảy ra tại Nhật Bản. Giữa sự hỗn loạn, anh chị em Ayumu và Gou của gia đình Mutou, bắt đầu trốn khỏi thành phố cùng với gia đình bốn người của họ. Tuy nhiên, quần đảo Nhật Bản đang chìm dần không ngừng theo đuổi gia đình.
Murakami Ryouta luôn day dứt về cái chết của cô bạn thời thơ ấu của mình, người mà anh chỉ còn nhớ với biệt danh Kuroneko. Một ngày, một cô gái trông giống hệt người bạn thời thơ ấu chuyển vào lớp của anh với cái tên Kuroha Neko. 2 người họ liệu có phải là 1? Câu chuyện tình đẫm máu và nước mắt bắt đầu.
Hai đặc vụ bí mật Éclair và Lumière của Encounter of Shadow-work (ES) đã từng tham gia vào cuộc chiến để quyết định số phận của nhân loại trong dải ngân hà. Họ giành chiến thắng và hòa bình được lập lại. Giờ đây, sau một vài năm, dải ngân hà một lần nữa lại đứng trước bờ vực của sự hỗn độn. Cuộc chiến này sẽ có sự xuất hiện của hai người anh hùng mới: Ascoeur và Q-feuille