Các quốc gia trên toàn thế giới thành lập một liên minh để chống lại kẻ thù mới nổi của nhân loại Neuroi, kẻ mà chỉ những cô gái có sức mạnh đặc biệt mới có thể chống lại. Tuy nhiên, Neuroi không bao giờ xuất hiện. Thay vì chiến đấu, các phù thủy dành cả ngày nhàn rỗi.
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS".
Masaru, học sinh năm hai của một trường trung học. Là một chiến binh đường phố bất khả chiến bại nhưng đang học ý nghĩa " làm việc theo nhóm". Sau khi trốn khỏi DATs, một tổ chức chuyên bắt Digimon gây rối. Agumon đã có một trận đánh với Masaru. Ngay lúc đó Yoshino cùng Lalamon đã đến chụp cỗ Agumon, và Masaru và Agumon đã trốn thoát. Ngay lúc đó có một Digimon tà ác xuất hiện và họ đã đánh bại nó bằng sự tiến hóa. Sau đó Masaru đã gia nhập DATs để ngăn cản Digimon đến Trái Đất. Cùng với sự
Haruyoshi, người được mệnh danh là một Âm Dương sư mạnh nhất trên thế giới. Sau đó, anh bị bạn bè của mình phản bội và bên bờ vực của cái chết, anh mong muốn được hạnh phúc trong cuộc đời tiếp theo của mình. Ngay lúc đó, anh đã thử một câu thần chú tái sinh bí mật.
Đảng Sanzou đã đến Ấn Độ. Ở vùng đất xa lạ này, nơi mà bạo động xảy ra tùm lum,các trận chém giết xảy ra liên miên Và số phận bi thảm của họ từ 500 năm trước đây & Họ sẽ tìm thấy gì vào trong cuộc hành trình của họ