Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Chàng thanh niên vừa có được danh hiệu người đàn ông mạnh nhất hành tinh, đang hí hửng vì sắp được cưới con gái của chủ hội... Thế nhưng anh ta nào có ngờ được rằng bản thân lại "được" săn đón bởi vô số quốc gia với vai trò "máy phối giống" trong công cuộc sinh sản có chọn lọc của nhiều chủng loài nhằm sản sinh ra giống nòi mạnh mẽ nhất.
Quà tặng, một thế giới bao phủ trong lấp lánh tinh thể màu xanh gọi là gifdium. Sougo Amagi là một cậu bé sống ở thành phố Garden Indigo, nơi đã phát triển lớn mạnh từ việc khai thác những tinh thể này.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Trong phim Subaru Natsuki là một học sinh Trung học bình thường, cậu bị triệu hồi đến một thế giới khác và được cứu bởi một cô gái xinh đẹp. Cậu quyết định ở lại trả ơn cho cô ấy, nhưng không đơn giản như vẻ ngoài của nó. Hai người bị kẻ thù tấn công và họ đã chết. Nhưng chính lúc này cậu lại phát hiện ra khả năng đặc biệt của mình là quay ngược thời gian, tạm gọi là “ Hối Sinh “ về thời điểm mà cậu bắt đầu đến thế giới này nhưng chỉ có một mình cậu nhớ những gì đã xảy ra