được đặt trong một thế giới song song, diễn ra sau các sự kiện của trò chơi đầu tiên, và phát triển câu chuyện theo sự kiện của ba nhân vật chính - Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, và Yuuma Nosaka.
câu chuyện tiếp theo của hai phần trước vô cùng thành công.Phần 3 này sẽ đưa đến thêm những nhân vật hoàn toàn mới với câu chuyện vẫn xoay quanh Makoto Naegi và bạn bè của mình.Kyoko Kirigiri, Yasuhiro Hagakure và Aoi Asahina và những người bạn mới sẽ phải trải qua những khó khăn và thử thách nào trong phần 3 đầy gay cấn này?
Thời là thời đại Mạc Phủ. Nơi là không còn là Kinh Đô (Kyoto), mà là Edo. Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại. Một cô bé tên Yukimura Chizuru trên con đường tìm kiếm cha mình đã lạc vào Tân Đảng và cùng chiến đấu
Aichi ban đầu là một trường trung học dành cho nữ , khi nó trở thành nam nữ học chung, các cô gái, vì sợ hãi, đã yêu cầu được phép mang vũ khí đến trường. Khi điều đó được chấp thuận, một nhóm gồm năm thành viên được gọi là "ngũ kiếm TENKA GOKEN" đã được thành lập
Có những người có thể đi vào tâm trí của mọi người và kiểm soát ký ức của họ. Sức mạnh này được sử dụng để xóa bỏ những bí ẩn và vụ án hoặc tệ hơn là ám sát.