Năm 4699, những con tàu trôi dạt trong không gian được gọi là cá voi. Công Ty Săn Bắt Cá Voi Ahab là công ty được dẫn dắt bởi thợ săn cá voi nổi tiếng Ahab. Một hôm, có một đứa trẻ tên Lucky đến gặp Ahab, nhờ ông ấy giải cứu Mohd, hành tinh quê hương của cậu đang gặp nguy hiểm.
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Các vị thần đã xuất hiện khi nhân loại đang trên bờ vực diệt vong bởi những gì mà lũ quỷ đã làm với Trái Đất. Các vị thần đó được gọi là “Idaten” đã chiến đấu và phong ấn lũ quỷ dữ đó cách đây 800 năm.
Câu chuyện xoay quanh Sagara Sousuke - 1 chàng trung sĩ trẻ tuổi của tổ chức Mithril - được giao nhiệm vụ bảo vệ Kaname Chidori - 1 cô nữ sinh trung học - và mọi chuyện rắc rối xảy ra từ đây
Dựa theo manga cùng tên của mangaka Shimura Takako, Chuyện kể về một chàng trai (đúng hơn là một cậu học sinh lớp 5) rất chi là ... nữ tính và ... duyên dáng (xem hình và PV sẽ thấy ) mang tên Nitori Shuuichi. Ngay hôm đầu tiên khi chuyển đến trường mới, cậu ta đã bị người ta nhầm với ... onee-chan Nitori Maho (lớp 6) của cậu ta. Và khi vào lớp, cậu được xếp chỗ ngay cạnh Takatsuki Yoshino, một cô bé ... nam tính. Và những bí mật không thể bật mí... Chuyện gì sẽ xảy ra tiếp theo... God knows