Ngôi làng của Shu bị tấn công bởi những tên địch, cậu ta và bạn mình, Jiro và Kluke quyết định bảo vệ quê nhà. Họ sớm gặp chiến binh Zola và nhận được năng lượng của Shadow, khả năng biến những bóng của họ thành những quái vật siêu phàm. Shu nhận được quái vật có sức mạnh ghê gớm nhất, Blue Dragon, và họ cùng nhau chiến đấu chống lại kẻ thù.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Yatterman để kỷ niệm lần thứ 40 của Tatsunoko Time Bokan loạt. Một cô gái đang nhìn vào một hòn đảo xa xôi trên biển mang tên The Yatter Kingdom, một quốc gia được cho là được cai trị bởi người anh hùng Yatterman. cô gái muốn hỏi Yattermans giúp đỡ để chữa bệnh cho người mẹ bị bệnh của mình và quyết định liên doanh với các vương quốc.
Con người từ xưa đã sống dưới sự bảo hộ của phù thủy, họ tôn kính, biết ơn và đồng thời cũng cảm thấy ... KHIẾP SỢ trước năng lực của các phù thủy. Con người muốn nổi dậy, muốn chứng minh rằng thế giới hiện nay là do họ làm chủ
Chàng thanh niên vừa có được danh hiệu người đàn ông mạnh nhất hành tinh, đang hí hửng vì sắp được cưới con gái của chủ hội... Thế nhưng anh ta nào có ngờ được rằng bản thân lại "được" săn đón bởi vô số quốc gia với vai trò "máy phối giống" trong công cuộc sinh sản có chọn lọc của nhiều chủng loài nhằm sản sinh ra giống nòi mạnh mẽ nhất.