Paranoia Agent nói về Sagi Tsukiko là 1 designer trẻ tuổi mới nổi nhờ mẫu thiết kế mới nhất của cô, chú chó Maromi. 1 đêm nọ, khi đang trên đường về nhà Tsukiko bị 1 kẻ lạ mặt tấn công. Cô miêu tả hắn "là 1 thằng nhóc cấp 1, đi giày trượt vàng, cầm chiếc gậy bóng chày vàng bị bẻ cong", sau cảnh sát đặt biệt hiệu "Shounen Bat" (Lil Slugger).
500 năm trước, tại một vùng đất màu mỡ, lãnh chúa Karasumori đã mang trong mình một sức mạnh kỳ bí mà chính ông cũng không hề biết được, chính nguồn sức mạnh đó đã muốn hút những con yêu quái đến, làm cuộc sống của người dân trong thành không khi nào được yên ổn. Họ đã mời một vị pháp sư đến để diệt trừ, pháp sư Hazama Tokimori sư tổ hệ phái Hazama. Lượng yêu quái đến càng nhiều thì chính ông cũng không thể ngăn chặn lại,rồi ông lâm bệnh nặng. Và một ngày tất cả người dân trong thành đều mất
không đơn giản là một tên trộm bình thường, hắn luôn tạo ra phép màu trong các phi vụ, đi khắp thế giới tìm kiếm kho báu với đệ tử Hachi của mình. Trong hành trình đầy thú vị đó, họ luôn phải đối mặt với những cạm bẫy của cảnh sát và những tên trộm khác cùng mục đích
Hanako-kun ma quái và trợ lý phàm trần của anh ta, Nene Yashiro, thường nhúng tay vào giải quyết các sự cố siêu nhiên khác nhau ở Học viện Kamome, nhưng họ dành thời gian như thế nào khi được nghỉ ngơi sau tất cả những điều đó?
Câu chuyện diễn ra ở thời điểm năm 2020, khi nhân loại đối mặt với đại dịch Coro... À khoan! Nhầm rồi. Câu chuyện diễn ra ở tương lai năm 2030, con người phải đối mặt với một đại nạn virus tên Gibia (tên gọi của lớp Côn trùng)