Từ lâu, các quốc gia mang tên “Kantou” và “Kansei” đã có một cuộc chiến chia rẽ thế giới. Nhưng vào cuối cuộc chiến, Kansei trở thành chư hầu của Kantō. Tuy nhiên, lực lượng chính phủ và cảnh sát của Kansei đã từ chối và tội phạm trở nên tràn lan. Những tên tội phạm đó được gọi là “Akudama”.
Trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với sự hủy diệt từ những sinh vật khổng lồ bí ẩn. Chúng được gọi là "Huge". Toàn bộ thế giới đã hợp nhất với nhau chống lại Huge và phát triển một thứ vũ khí mới được gọi là "CHARM" (Counter Huge Arms).
Bối cảnh chuyện đặt trong những năm 2013. Được nuôi dạy như người thuộc tầng lớp ưu tú nhất từ năm 2 tuổi, 1 cậu bé tên Shion sống trong 1 khu vực đặc biệt được gọi là No.6. Trong đêm sinh nhật thứ 12 của mình, cậu cứu được 1 cậu bé tự xưng là “Nezumi”(Chuột). Nezumi đang tìm cách trốn thoát khỏi Khu Vực An Ninh Đặc Biệt (Special Security Area) của thành phố. Kể từ giây phút đó, cuộc đời của Shion đã thay đổi mãi mãi…
Hibino Kafka một thanh niên vốn bất mãn với việc làm tại công ty vệ sinh chịu trách nhiệm xử lí xác kaiju.
Vài năm sau khi chiến tranh thế giới thứ III, hay còn gọi là Cuộc Phân chia thứ III, một tổ chức tội phạm được gọi là Vischio đã nắm được quyền điều khiển của thành phố hoang tàn Toshima (trước đây là Tokyo), nơi mà họ tổ chức cuộc đấu tên là “Igura”. Nam nhân vật chính Akira bị buộc tội oan, sau khi bị bắt đã có một người phụ nữ bí ẩn đưa ra đề nghị sẽ trả cho cậu tự do, nếu cậu đồng ý tham gia Igura và đánh bại kẻ mạnh nhất: Il-re.