Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Để trả số tiền nợ của người cha đã mất, cậu thiếu niên Denji cùng với Pochita - quỷ Máy Cưa, vừa làm công việc chủ yếu là thợ săn quỷ diệt trừ ác quỷ, vừa kiếm sống mưu sinh. Một ngày nọ, Denji bị tên yakuza mà cậu thỏa thuận công việc lừa gạt, cậu và Pochita đã bị quỷ Zombie sát hại.
Yusuke Yotsuya là một học sinh lớp 9, sống thực tế, không thân thiện và không hề tham gia bất cứ hoạt động trong CLB nào. Đến một ngày nọ, cậu cùng hai người bạn nữ cùng lớp đã bất ngờ bị chuyển đến một thế giới khác, nơi mà họ phải hợp tác với nhau để chống chọi lại cuộc sống ở thế giới mới.
Shiba Miyukis classmate Kitayama Shizuku is on her way to study abroad. For magicians, this is normally impossible, since allowing the genes of someone who can use magic outside their home countrys borders is tantamount to giving up national secrets.
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới.