Because of the legend left by Tatsuya Uesugi, Meisei Academy High School was well-known for their strong baseball team. But 26 years after their glory, the team has not been able to keep their record and has since lost their fame.
Once, the land of Togenkyo was a peaceful land, where humans and yokai lived together. Then, however, men appeared who tried to revive Gyumaoh, the Great Yokai who was slain by the war god Nataku Taishi and buried in Houtou Castle 500 years ago, by using a forbidden combination of chemistry and magic
Haruka đang cùng trải qua kỳ nghỉ hè cuối cùng trước khi lên cấp 3 với những người bạn thân Yuu, Atsuka, Takuya, Miho thì bỗng dưng cô gặp một người đàn ông tên là Karasu - kẻ tự nhận mình là Yuu trong tương lai – nơi mà toàn bộ sự sống được mã hóa trong một máy tính lượng tử khổng lồ. Haruka bị bắt cóc đến một Chiều không - thời gian Lacryma vì cô sở hữu khả năng chống lại Shangri-La - một đơn vị không - thời gian khác đang cố gắng nuốt tất cả các không - thời khác vào hư vô. Haruka và những
bối cảnh tại tương lai ở những năm 20xx, vào thời điểm này, Akihabara – nơi từng được xưng tụng là “thánh địa Otaku” đã lụi tàn bởi văn hóa Otaku dần bị bài xích. Người chơi sẽ nhập vai với vai trò quản lý những cửa hàng Otaku còn sót lại. Họ sẽ phải giúp phát triển các cô giá tài năng và cùng nhau chiến đấu với một “vi-rút” lây nhiễm vào thế giới các tác phẩm, đồng thời phục hồi lại “trí nhớ” của mọi người.
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.