Một ngày nọ, có một thị trấn bị hủy diệt không để lại chút dấu vết gì. Người duy nhất sống sót sau trận hủy diệt ấy - và gã buôn lậu cô độc Takuya. Cùng với lá thư do cha Yuki để lại, họ đi đến thị trấn Lost mà không ngờ đến những thử thách đang chờ họ trước mắt. Những tổ chức bí ẩn, những âm mưu giấu kín đang chờ đợi Yuki và Takuya khi hai người càng tiến đến gần bí mật của Lost.
kể lại câu chuyện hoàn toàn mới được viết bởi chính Hideaki Sorachi, là bộ phim thứ hai của Gintama. Gintoki bị cuốn văng tới tương lai 5 năm sau. Nơi đó một dịch bệnh lạ hoành hành khiến đa số cư dân Trái Đất phải trốn ra vũ trụ, Gin đã chết khi một mình cố ngăn bệnh dịch.
Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.
Lu Shuiyin (Riku Suigin bằng tiếng Nhật) là một bậc thầy về chơi game, một kỹ năng chỉ được biết đến với bạn cùng lớp là Lu Lian (Riku Lin ở Nhật). Một hôm, Shuiyin nhận được một thiết bị từ Lu Lian cho một ngôi mộ phát hiện trò chơi trực tuyến.
Iwatani Naofumi bị triệu hồi vào thế giới song song cùng với 3 thằng đực rựa khác. Mỗi đứa đều được trang bị 4 thanh Huyền Khí khi được triệu hồi, Naofumi được nhận Huyền Thuẫn