Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Câu chuyện lấy bối cảnh vào giữa thời đại Muromachi, vào khoảng thập niên 70 của thế kỉ 15, sau trận chiến của Onin và Bunmei. Câu chuyện kể về Hyakkimaru - một chàng trai trẻ khi mới sinh ra là đã bị mất 48 bộ phận trên cơ thể
The Story of a Man Turned Into a Pig, ButaLiver. Một thanh niên chết vì ăn gan lợn sống và được chuyển sinh thành lợn ở thế giới khác Cơ mà nếu được chăm nom bởi một thiếu nữ xinh đẹp thì có lẽ cuộc hành trình này cũng không tệ lắm nhỉ?
500 năm trước, tại một vùng đất màu mỡ, lãnh chúa Karasumori đã mang trong mình một sức mạnh kỳ bí mà chính ông cũng không hề biết được, chính nguồn sức mạnh đó đã muốn hút những con yêu quái đến, làm cuộc sống của người dân trong thành không khi nào được yên ổn. Họ đã mời một vị pháp sư đến để diệt trừ, pháp sư Hazama Tokimori sư tổ hệ phái Hazama. Lượng yêu quái đến càng nhiều thì chính ông cũng không thể ngăn chặn lại,rồi ông lâm bệnh nặng. Và một ngày tất cả người dân trong thành đều mất
Lấy bối cảnh một thế giới với sự hiện diện của phép thuật, nợi mà quyền lực được cân bằng bởi Amoria và Ishifen, hòa bình được thiết lập. Nhưng rồi một ngày con rồng Daganzord xuất hiện, tàn phá tất cả mọi thứ. Bario và Kismitete cố gắng phong ấn con rồng nhưng thất bại… Con trai của họ là Hiiro được Giruu cứu thoát…. Sau này người ta gọi đó là thảm họa Balbagoa.