Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài. Trước mắt cậu là hàng loạt những pho tượng đá của nhiều người. Tuy nhiên, cậu không một mình
Touru Soma là thành viên của Steppen Wolf, 1 nhóm hacker. Nhóm này quyết định sẽ làm một cuộc tấn công hack lần nữa bằng cách xâm nhập vào FLAK, một tổ chức quân đội lớn lập ra bởi United Nation để chống lại khủng bố mạng. Tuy nhiên, họ bị phát hiện, và Yuya chết, lãnh đạo của Steppen Wolf và bạn của Touru bị bắt.
Flute là một cô gái sống tại làng nhỏ Staccato vương quốc Sforzando, cho đến khi bức tường của Nữ hoàng Horn bị phá hủy, Flute biết cô là con gái của nữ hoàng . Để bảo vệ thế giới khỏi sự đe dọa của binh đoàn Ma Quỷ, cô phải đi đến Sforzando với người bạn thời thơ ấu bí ẩn của cô, Hamel, người vẫn còn phải tìm hiểu sự thật về di vật mẹ mình để lại.
Mất đi trí nhớ của mình sau khi chuyển sinh, tấm màn trong câu chuyện của Kelvin trong thế giới mới được hé mở.
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.