Phần tiếp theo của seri Last Exile nổi đình nổi đám từ 2003, ai là fan của bộ này hẳn không thể bỏ qua được. 2 nhân vật chính của phần này là Fam và Giselle, 2 nữ phi công của chiếc Vespa và là thành viên của nhóm Sky Pirates. Ngoài ra trong nhóm này còn có Dio, 1 nhân vật từ Last Exile phần đầu.
Theo truyền thuyết trong thời kỳ cổ đại xa xưa - khoảng 2000 năm trước Công Nguyên - khi loài người còn hoang sơ man dại, có một chủng tộc người ba mắt không biết xuất hiện từ đâu trên trái đất. Nền văn minh của họ thật rực rỡ, đạt được những thành tự khoa học kỹ thuật đáng kinh ngạc, thậm chí những phát minh của họ được người thời nay xem là huyền thoại. Bỗng, một ngày nọ, chủng tộc người ba mắt đột ngột biến mất, cũng kỳ lạ như khi họ xuất hiện. Chỉ còn để lại một số di tích đến tận ngày nay.
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Một tay otaku Nhật Bản, yêu thích máy móc đã qua đời trong một vụ tai nạn thương tâm. Linh hồn của anh đã đầu thai tại một thế giới khác, gọi là Ernesti Echevarria. Tuy đã có một cuộc sống mới nhưng Eru vẫn lưu giữ lại mọi kí ức, tính cách, sở thích của mình ở kiếp trước. Thế là anh chàng tận dụng mọi ưu thế của mình để thực hiện mục đích trở thành người điều khiển Silhouette Knight - Con robot khổng lồ tồn tại trong thế giới này.
Trong một tương lai gần, một căn bệnh tên là "Cagaster" đã xuất hiện. Nó biến con người thành côn trùng. Câu chuyện bắt đầu sau 30 năm kể từ khi phát bệnh, vào năm 2125. Nó kể về cuộc phiêu lưu của Kidou chiến đấu chống lại côn trùng .