Câu chuyện diễn ra trong thế kỷ 21. Do thực tế rằng ô nhiễm đã trở thành một vấn đề lớn, các nhà khoa học đã phát triển việc sử dụng nhiên liệu hydro được gọi là HBT như là một thay thế cho nhiên liệu hóa thạch. Vào thời điểm này, con người đã xâm chiếm sao Hỏa để tìm kiếm địa điểm mới để gọi về nhà là kết quả của sự bùng nổ dân số.
Bối cảnh phim diễn ra tại Tokyo năm 1969. Trái đất đang bị tấn công bởi những kẻ xâm lược (Invader).. Tuy nhiên công chúng lại không hề biết điều này. Để chống lại những cuộc tấn công của Invader, một tổ chức bí mật là A.E.G.I.S đã được thành lập.
Okajima Rokuro (aka Rock) đến Đông Nam Á để chuyển phát 1 cái CD mật , anh bị bắt bởi 1 toán cướp biển tên là , Black Lagoon.Dù anh vẫn hy vọng là được giải cứu đã bị công ty đá ra ngoài đường, vì để lộ bí mật chiếc CD. Anh vùng vẫy để tồn tại tưởng chừng trong vô vọng. Cuối cùng anh vứt bỏ lại tất cả trở thành 1 hải tặc của Black Lagoon với biệt danh Rock
vốn là một câu chuyện gồm những cuộc phiêu lưu của Akira, một võ sư đơn độc chợt mất khả năng chiêm tinh thần bí của mình. Đường đời buộc Akira phải lao vào những trận đấu võ đài với những nhà vô địch.
Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí