Bối cảnh câu chuyện diễn ra trong một thế giới gothic fantasy, kể về Teito Klein. Một nô lệ mồ côi, người đã trở thành học viên xuất sắc nhất của Học viện Quân đội. Tuy nhiên, một sự kiện bất ngờ đã làm cho cậu bị rượt đuổi bởi lực lượng của Đế quốc Barsburg. Để thoát bị kết án, nhà thờ đã che chở cho Teito dựa vào luật lệ dành cho nơi tôn nghiêm.
Câu chuyện diễn ra vào năm 2199,khi mọi người đổ xô xuống đườngđể tiễn đưa năm cũ và chào đón năm mới. Nhưng giữa buổi lễ thì nghe tin Ragna the Bloodegde, kẻ phản bội cấp SS bị Chính phủ treo thưởng với giá rất cao đã xuất hiện tại tầng 13 của thành phố, tên là Kagutsuchi. Mục tiêu chính của Ragna là hủy diệt bộ máy điều hành thế giới này. Để đoạt lấy số tiền thưởng này, 1 nhóm các kiếm sĩ mạnh mẽ nhất đã tập hợp tại Kagutsuchi..
5 năm trước, hầu hết dân làng Ootsuka đã phải chết vì một cơn bệnh dịch. Nhưng thật thần bí, có 3 người đã sống sót: 1 nữ 2 nam. Họ hiện đang sống tại một nhà thờ tách biệt với thế giới bên ngoài nhằm thoát khỏi sự truy sát của kẻ thù. Đặc biệt thay, Shino, một trong 3 người sống sót đã có được quyền năng của Murasame, thanh kiếm linh hồn. Thế nhưng, cuộc sống yên bình của họ đã kết thúc khi mà Tòa Thánh đã rắp tâm muốn chiếm đoạt Murasame
ì trường học đóng cửa nên 2 bé main của chúng ta phải lết cái "body" lên đất liền để đi học nhờ trường main khác. Và từ đây câu chuyện bắt đầu
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.